Al-Mujahedeen werd opgericht aan het begin van de Tweede Intifada in 2001 en brak weg van Fatah. Het werkte aanvankelijk als een factie van de Al-Aqsa Martyrs Brigades voordat het een onafhankelijke militante groep werd. De organisatie volgt een radicale Salafi -ideologie, die wil terugkeren naar wat zij de fundamentele wortels van de islam beschouwt, waarbij extreme maatregelen worden bepleit om haar doelen te bereiken.
De groep werd aanvankelijk geleid door Omar Abu-Sharia, die Israël probeerde te elimineren in 2006. Hij bezweek zes maanden later aan zijn verwondingen. In de loop der jaren heeft Al-Mujahedeen talloze aanvallen uitgevoerd en heeft zich gepositioneerd als een gewelddadige extremistische factie in Gaza. In tegenstelling tot Hamas, dat de enclave regeert, handhaaft Al-Mujahedeen een duidelijke identiteit, die vaak in overeenstemming is met wereldwijde jihadistische bewegingen.
De acties van Al-Mujahedeen onderstrepen de fragmentatie van militante groepen in Gaza en de brutaliteit waarmee gijzelaars worden gehouden door facties buiten Hamas zelf. Israëlische autoriteiten blijven de terugkeer van het lichaam van Shiri Bibas eisen, samen met alle resterende gijzelaars.
